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科研工具推荐 | Geneious Prime 功能介绍

2022-12-28

以下文章来源于SnapGene ，作者Geneious

 

关于Geneious
Geneious是一款综合的、跨平台的、领先的生物信息学软件，实现了发现，共享，操作和探索生物科学数据，可以轻松实现从基础的分子生物学到序列分析，引物设计和限制性分析等，是一款特别适用于诊断抗体研发生物信息学的软件。

Geneious的开发公司Biomatters是一家应用生物信息学公司，为生物制药和商业生物技术行业，以及学术和政府机构提供世界级的研发解决方案。总部位于新西兰奥克兰，在丹麦和美国设有办事处，用户遍及全球125个国家，其解决方案提高了4000多所大学，研究机构和公司的生产力，全球知名的20家医药企业中16家采用了Geneious软件来提高研发效率和降低成本。

 

 

Geneious Prime是业界领先的生物信息学和分子生物学软件，跟SnapGene、GraphPad Prism、nQuery一样，同属Dotmatics旗下。

 

今天就带大家具体了解一下Geneious Prime的功能，希望能帮助大家更好的了解这个工具！

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Geneious Prime提供了一套全面的分子生物学和序列分析工具。

NGS预处理
导入Illumina、PacBio和NanoPore读数。
修剪、过滤和解复用单端和成对端数据。
合并成对读取。
重复数据消除。
错误纠正和规范化。
过滤嵌合体。

映射比对组装和从头组装
只需在行业领先的映射比对组装和从头组装算法之间切换。
支持Sanger和NGS数据的组装，包括Illumina、PacBio和Oxford Nanopore任意长度的读数，包括成对的末端读数和混合组件。
组装微生物基因组、质粒和其他环状序列时产生环状重叠群。
MAUVE基因组比对的基因组比较和整理。
映射器包括Geneious、Geneious for RNA Seq、BBMap、Minimap2、Bowtie2和TopHat。
从头组装算法，包括Geneious、SPAdes、Flye、MIRA、Tadpole和Velvet。

变量调用与表达式分析
使用Geneious或FreeBayes调用SNPs/变体。
使用同步基因组视图实时过滤表格结果。
计算并比较映射RNA序列数据的表达水平。
使用PCA和火山图可视化。

序列分析
修剪、组装和查看桑格测序跟踪文件。
纠正基本呼叫并创建共识序列。
注释图案、ORF和重复。
预测基因和结构元素。
基于数据库相似性搜索的实时标注。
动态翻译选择，或显示注释或选定框架的翻译。
序列属性的动态图和统计数据，如pI、分子量、熔点、AA组成等。

序列比对
DNA或蛋白质的多重和成对序列比对，包括全基因组比对。
与常见的安全的算法保持一致，包括Geneious Aligner、MUSCLE、MAFFT、Clustal Omega、MAUVE和LastZ。
通过实时平移和高亮显示查看和编辑路线。

种系发生
使用Geneious树生成器、MrBayes、PAUP*、PhyML、RAxML等构建树。
可视化、编辑和标记树。
交互式距离矩阵查看器。
导出符合出版要求质量的图表。

微卫星分析
导入原始ABI跟踪文件。
微调、预测和手动调整峰值。
Bin峰值为等位基因。
生成等位基因调用的表格输出。

分子克隆
查看质粒图，自动注释载体，并使用注释复制粘贴序列。
一步式GoldenGate（IIS型）和限制性克隆。
基于同源性的克隆，包括Gibson、GeneArt和In Fusion。
TOPO克隆。
克隆操作的父/后代谱系跟踪。
密码优化和反翻译。
沉默突变分析，寻找潜在的限制位点。
CRISPR gDNA设计。
模拟PCR、消化和连接。

引物设计
自动设计PCR和测序引物以及杂交探针，用于任何目标区域或整个序列。
在序列视图中轻松添加引物。
设计基本和简并PCR引物。
在设计过程之前、期间或之后添加和删除引物序列的扩展。
引物特异性测试，以检查模板序列上的其他结合位点。
筛选物理性质、发夹和引物二聚体。
以FASTA、电子表格或GenBank格式拖放引物。

数据管理和写作
拖放导入文件和文件夹，包括Vector NTI数据库。
将元数据从电子表格导入序列和其他文档。
智能NGS导入–一步导入任何种类的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件。
直观的基于文件夹的项目组织。
无缝集成的共享数据库。
快速搜索数据库中的所有序列和元数据。
广泛的导出选项。

搜索和BLAST
直接访问NCBI公共BLAST数据库。
专用本地数据库的自定义BLAST。
集成搜索外部数据库，包括GenBank和UniProt。
将序列直接上传到GenBank。
在PubMed中搜索文献。
针对本地或共享数据库的高级搜索。

自动化工作流
使用可视化编辑器创建用于自动批量分析的工作流。
用于执行管道的20多个内置工作流，包括将变量应用于参考序列、映射读取然后查找SNP和随机采样序列。
通过编写自定义代码工作流的选项扩展功能。

API和开发人员
使用插件开发工具包添加专用功能或与其他系统集成。
添加您喜爱的算法、数据库或可视化。
打包命令行程序以通过Geneious Prime GUI运行。

 

 

北京天演融智软件有限公司（科学软件网）是Geneious软件在中国的授权经销商，为中国的Geneious软件用户提供优质的软件销售和培训服务。

 

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